В вузе в последние годы сложились научные школы и коллективы, обладающие опытом, знаниями, способные выполнять научно-исследовательские проекты; учитываются потребности системы образования Республики Адыгея при организации НИР; разработан алгоритм подготовки научных и научно-педагогических кадров, введен финансово-организационный механизм поощрения ППС за достигнутые результаты в НИР; существует эффективная система поддержки молодых ученых; сложилась своя система организации НИРС; накоплен опыт проведения факультетами и кафедрами различного уровня научно-практических конференций.
В 2004 г. исследовательский коллектив АГУ в составе проф. Шеуджен Э.А. (руководитель), проф. Хунагова Р.Д., проф. Шадже А.Ю., проф. Поляковой Т.М. получил статус «Ведущего научно-педагогического коллектива Минобразования России» и адресную поддержку в объеме 350 тыс. рублей на выполнение фундаментальных исследований в области историографии, методологии истории, политических наук, философии.
За последние пять лет вузом было представлено в комиссии различных конкурсов 393 заявки, разработано 346 НИР, в том числе выполнено 47 проектов в рамках федеральных и отраслевых НТП, 19 проектов в рамках ЕЗН, 7 проектов в рамках РФФИ и 1 проект в рамках РГНФ.
АГУ является в Республике Адыгея ведущим научно-образовательным и научно-методическим центром. На базе вуза в 2000-2004 гг. было проведено 122 научных конференций, круглых столов, семинаров, в том числе 20 международного уровня, 23 всероссийских, 26 региональных, 53 в масштабах вуза.
С 2002 по 2005 год АГУ участвовал в 3 международных выставках, 54 республиканских и региональных выставках.
Активно ведется в университете издательская деятельность. За отчетный период было издано 131 монографий, 179 сборников научных трудов, 3856 статей и тезисов докладов, 679 учебников, учебных и учебно-методических пособий. Из них 72 с грифами МО РФ, УМО, МО РА и др. Всего сотрудниками, аспирантами и студентами университета опубликовано 4845 работ общим объемом 9324,5 Научные издания АГУ востребованы далеко за пределами Республики Адыгея, в России и за рубежом: в Чехии переведена на английский язык и издана в 2004 г. монография Мирзова Дж,Д. «Асимптотические свойства решений систем нелинейных неавтономных обыкновенных дифференциальных уравнений» («Asymptotic Properties of Solutions of Systems of Nonlinear Nonautonomous Ordinal Differential Equations»), изд-во Folia, 11 п.л., 142 с., в Германии издана работа Шадже А.Ю. «Кавказ: взгляд из Бонна» («Kaukasus:eine Sicht aus Bonn». Майкоп-Бонн. 2002. 67 с.), по результатам фольклорно-этнографических экспедиций в Турции в 2004 г. подготовлен к изданию и опубликован в 2004 г. в г. Майкопе издательством ГУРИПП «Адыгея» первый том серии «Фольклор адыгов Турции» (автор-составитель Р.Б. Унарокова). В книге 570 страниц фольклорных текстов с нотами, научными комментариями, словарями, иллюстрациями. Спонсором издания стал «Благотворительный фонд адыгов Германии». Шумафов М.М. получил приглашение от издательства Шпрингер на перевод и публикацию монографии «Методы стабилизации линейных управляемых систем». СПб: Изд-во С.-Петербургского университета. Серия Математика, Механика и Астрономия. 2004. Вып. 3 17). С.56-68. В Великобритании публикуется работа А.Н.Соколовой «Музыка как лекарство у адыгов». Шхапацева М.Х. стала победителем в конкурсе учебников для национальных школ Минобрнауки РФ. Преподаватели АГУ: Блягоз З.У., к.физ.-мат.н., зав.кафедрой, Сугаипова И.В., к.э.н., Кудаев М.Р., д.п.н., профессор, Шадже А.Ю., д.филос.н. и проф., Шеуджен Э.А. д.и.н., проф., Пешкова В.Е., к.п.н., Азашикова З.З., Апиш Ф.Н. и др. награждены Дипломами Фонда развития отечественного образования за участие в конкурсе Фонда развития отечественного образования «Лучшая научная книга 2004 года», проводимого среди преподавателей высших учебных заведений.
Адыгейским госуниверситетом выпускаются следующие периодические и научные издания:
«Труды ФОРА» (Труды Физического Общества Республики Адыгея), ежегодный журнал, публикующий на своих страницах научные и методические статьи по физике и математике, ответственный редактор к.ф.-м.н. Дж.Д.Мирзов, издается с 1996 г.
Ежеквартальный научный журнал «Вестник Адыгейского государственного университета». Серии: «Естественные науки», «Педагогика», «Общественные науки». Издается с 1998 г.
Научный и образовательный журнал «Филологический вестник», публикующий работы об общих проблемах языкознания и литературоведения. Издается с 1999 года.
«Вопросы теории и методологии истории». Сборник научных трудов исторического факультета. Издается с 1995 г.
Исторический журнал «Диалоги с прошлым» включает статьи преподавателей, аспирантов и студентов по различным проблемам истории. Отв. редактор проф., д.и.н. Э.А.Шеуджен, издается с 2000 г.
«AB OVO» студенческий научный журнал, включает статьи студентов и аспирантов АГУ, победивших в конкурсах студенческих работ, издается с 2000 г.
Сборник статей преподавателей и аспирантов кафедры русского языка и методики его преподавания в начальных классах.
Сборник тезисов ежегодной студенческой научной конференции.
Сборник материалов ежегодной конференции аспирантов и молодых ученых.
Международный лингвистический журнал «Язык и межкультурная коммуникация» (Language and Intercultural Communication International Linguistic Journal) издает факультет иностранных языков с 2002 г.
Журнал «Псалъ» издается на базе Центра адыговедения Адыгейского государственного университета с 2002 г.
Научно-методическим центром АГУ (науч. рук. д.п.н., проф. Т.Ф.Сергеева) с 2003 г. издается научно-методический журнал «Образование. Пространство RU».
Кафедрой легкой атлетики Института физической культуры и дзюдо АГУ с 2003 г. издается сборник научных трудов «Проблемы физического воспитания и спорта: реалии и перспективы».
Кафедрой естественно-математических дисциплин и методики их преподавания в системе дошкольного и начального образования с 2001 г. издается сборник статей «Педагоги о науке и образовании».